Omicron : bientôt (déjà) là

Christian Quest
4 min readDec 17, 2021

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Nos voisins anglais ont publié de nombreuses informations sur le variant omicron dont les premières détections sur leur sol datent de moins d’un mois.

Ces données sont précieuses car le Royaume-Uni est le champion du séquençage, qui permet d’avoir une vue assez précise des variants qui circulent.

Elles sont très inquiétantes, et l’on comprends mieux à leur lecture le ton alarmiste des dernières prises de parole de Boris Johnson ou du directeur de l’OMS ou le conseil de défense de ce vendredi et les annonces de Jean Castex.

La rapidité d’expansion de ce variant est effectivement inédite. Les chiffres anglais de nouveaux cas on été multipliés par plus de 20 en une semaine (1534 nouveaux cas le 13 décembre, comparé à 64 le 6 décembre).

En graphique cela donne cette courbe verte, qui démarre encore plus fort que les précédents variants, le mauve étant le delta.

https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1042046/Technical_Briefing_32.pdf#page=8

Il se propage donc très très vite, environ deux fois plus vite que lors de la toute première vague, alors que nous prenons aujourd’hui bien plus de précautions avec les gestes barrière, les masques, le pass sanitaire et que la population est largement vaccinée.

On n’est pas loin de ne plus compter le rythme de doublement de nouveaux cas en jours mais plutôt en heures (de l’ordre de 36h sur les premières données anglaises).

Le rapport (qui date du 10 décembre), estime déjà qu’à ce rythme il sera majoritaire sur Delta à la mi-décembre, ce qui doit déjà être le cas au moment ou j’écris ces lignes.

3 fois plus contagieux que Delta

C’est l’évaluation faite actuellement, ce qui explique la propagation beaucoup plus rapide.

Les cas d’infection intra-familiales (des cas positifs à moins de 14 jours d’intervalle dans un même foyer), sont environ 3 fois plus nombreux qu’avec le variant Delta.

Les cas de réinfection (des personnes qui déjà été malades et retombent malades) sont aussi nettement plus nombreux (de 10% on passe plutôt à 15-20%).

Ceci vient des mutations de ce variant qui font que notre immunité n’est pas bien adaptée pour combattre cet omicron.

Des vaccins moins efficaces, sans rappel

Deux doses d’AstraZeneca ne semblent quasiment pas protéger contre omicron, les cas symptomatiques ne semblent pas réduits.

Deux doses de vaccins ARN (pfizer ou moderna) protègent partiellement.

La bonne nouvelle (quand même !) c’est qu’un rappel ARN permet de réduire de 70 à 80% les cas symptomatiques.

Des cas moins grave ?

Aujourd’hui, aucune donnée ne permet de le penser.

Une moindre virulence (ou létalité), ne compenserait de toute façon pas la contagiosité bien plus forte car la contagiosité joue sur le facteur exponentiel, alors que la virulence n’est qu’un facteur linéaire.

En math ça donne: temps^contagiosité x létalité

Ce qui sature l'hôpital c'est l'exponentielle qui joue sur le temps car le rythme imposé est impossible à suivre au bout de quelques semaines voire jours avec omicron.

Donc même si omicron causait beaucoup moins de cas graves, sa vitesse de propagation bien supérieure annulerait totalement ce "bénéfice" éventuel. Il ne faut clairement pas compter là dessus sauf si il descend au niveau d'un rhume pour toute personne infectée (et ce n'est visiblement pas le cas).

Situation en France

Ce qui peut être plus favorable que la situation anglaise:
- nous sommes sûrement plus sérieux dans les gestes barrière (très peu de masques là bas, pas de pass, etc)
- nous avons moins de personnes vaccinées en AstraZeneca, donc même avec 2 doses de pfizer/moderna il y a une protection même si elle est partielle.

Je ne sais pas à quelle vitesse il va se propager chez nous, notre système de surveillance est moins évolué que celui des anglais qui font énormément de séquençages. Nous on "crible", c'est à dire qu'on ne trouve que ce qu'on cherche et on ne cherche pas encore systématiquement omicron comme eux. Il circule déjà à bas bruit (on parle de 300 cas détectés à ce jour, il n’y a pas de données précises publiées).

Donc: faites votre rappel au plus tôt, omicron va arriver très très vite. Le rappel est de plus efficace en quelques jours.

Même si on arrive en haut de la cloche des contaminations de la cinquième vague avec Delta, on a actuellement une circulation forte (près de 50000 cas quotidiens en moyenne sur la semaine passée, une incidence moyenne de plus de 500) qui indique que nos interactions sociales sont trop nombreuses pour limiter la circulation de Delta, et encore moins pour omicron.

Pour les réduire avec un variant bien plus contagieux, il ne reste plus beaucoup de leviers d’action suffisamment efficaces... couvre-feu et confinement, ce qui, vu les nouveaux paramètres d'omicron, risque d'être nécessaire dans un proche avenir.

La transformation du pass sanitaire en pass vaccinal arrivera sûrement bien trop tard, surtout que pour obtenir une immunité suffisante pour les non vaccinés (adultes ou enfants) il faut plusieurs mois.

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Christian Quest
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Written by Christian Quest

40 ans d'informatique + 33 de base de données + 25 d'internet + 11 de cartographie = #OpenStreetMap + #opendata + #logiciel_libre

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